拉卡拉分账系统手续费计算方式多样，包括按交易金额比例收费、固定金额收费、分账比例分摊收费、阶梯式收费及特殊行业优惠收费，具体如下：

1. 按交易金额比例收费：这是较为常见和简单的计算方式，拉卡拉会根据不同的业务场景和合作情况设定一个固定的手续费率。例如，假设拉卡拉与某电商平台约定的固定手续费率为0.6%，当该平台有一笔交易金额为10000元的订单进行分账时，手续费即为10000元乘以0.6%，等于60元。这种方式适用于交易金额波动较大，但分账规则相对简单、稳定的业务，如大多数电商平台的商品销售分账。
2. 固定金额收费：每笔交易按照预先设定的固定金额收取手续费，与交易金额的大小无关。例如，拉卡拉与某便利店约定每笔交易固定收取0.5元的手续费。当该便利店有一笔交易金额为20元的商品销售进行分账时，手续费为0.5元；若有一笔交易金额为200元的商品销售进行分账，手续费依然是0.5元。这种方式适合交易金额较小且交易笔数较多的业务，如便利店的小额商品销售、公交卡充值等。
3. 分账比例分摊收费：先根据分账比例将交易金额分配到各个分账方，然后按照各分账方对应的资金金额和手续费率计算手续费。有些情况下，可能会对不同分账方设置不同的手续费率；也有可能会先计算整体手续费，再按照分账比例分摊到各分账方。例如，假设一笔10000元的交易，平台抽取20%作为服务费，手续费率为0.8%；商家获得80%，手续费率为0.5%。则平台分账金额为10000元乘以20%，等于2000元，平台手续费为2000元乘以0.8%，等于16元；商家分账金额为10000元乘以80%，等于8000元，商家手续费为8000元乘以0.5%，等于40元。总手续费为16元加40元，等于56元。同样一笔10000元的交易，若整体手续费率为0.6%，则总手续费为10000元乘以0.6%，等于60元。平台抽取20%，则平台承担的手续费为60元乘以20%，等于12元；商家获得80%，商家承担的手续费为60元乘以80%，等于48元。这种方式适用于涉及多个分账方，且各分账方在业务中的角色和贡献不同，需要区别对待手续费的情况，如供应链金融中的核心企业、供应商、分销商等多方分账。
4. 阶梯式收费：根据交易金额所处的不同区间，设定不同的手续费率，交易金额越大，手续费率可能越低。先判断交易金额所在的区间，然后按照对应的手续费率计算手续费。例如，拉卡拉设定了以下阶梯式手续费率标准：交易金额在0-5000元，手续费率为0.7%；交易金额超过20000元，手续费率为0.5%。当有一笔交易金额为25000元的订单进行分账时，手续费计算如下：5000元部分的手续费为5000元乘以0.7%，等于35元；（20000-5000）元部分的手续费为15000元乘以0.6%，等于90元；（25000-20000）元部分的手续费为5000元乘以0.5%，等于25元。总手续费为35元加90元加25元，等于150元。这种方式鼓励商家进行更大规模的交易，适用于交易金额波动较大且有一定规模的企业，如大型批发商、制造业企业等。
5. 特殊行业优惠收费：对于一些特殊行业，如教育、医疗等国家鼓励发展的行业，或者拉卡拉针对特定客户群体、特定时间段开展的优惠活动，手续费可能会有额外的折扣或优惠计算方式。具体优惠幅度和计算方法会根据活动规则和合作协议确定。例如，拉卡拉针对教育行业开展优惠活动，手续费率在原基础上打8折。若某教育机构原本的手续费率为0.5%，优惠后的手续费率为0.5%乘以0.8，等于0.4%。当该教育机构有一笔10000元的交易进行分账时，手续费为10000元乘以0.4%，等于40元。这种方式适用于特殊行业优惠和优惠活动期间内参与活动的商家。